Metacat

actually, it is not only for the sanpark skin. This query will cause same issue:

<pathquery version="1.2">
<querytitle>Untitled-Search-1</querytitle>
<returndoctype>eml://ecoinformatics.org/eml-2.0.0</returndoctype>
<returndoctype>eml://ecoinformatics.org/eml-2.0.1</returndoctype>
<returndoctype>eml://ecoinformatics.org/eml-2.1.0</returndoctype>
<returnfield>dataset/title</returnfield>
<returnfield>originator/individualName/surName</returnfield>
<returnfield>keyword</returnfield>
<returnfield>/eml/@packageId</returnfield>
<returnfield>/eml/dataset/access/@authSystem</returnfield>
<returnfield>/eml/dataset/access/@order</returnfield>
<querygroup operator="INTERSECT">
<queryterm searchmode="contains" casesensitive="false">
<value>%</value>
<pathexpr>title</pathexpr>
</queryterm>
</querygroup>
</pathquery>

i added a printStatckTrace statement and it gave me this:
at org.postgresql.core.v3.SimpleParameterList.bind(SimpleParameterList.java:38)
at org.postgresql.core.v3.SimpleParameterList.setStringParameter(SimpleParameterList.java:72)
at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.bindString(AbstractJdbc2Statement.java:2029)
at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.setString(AbstractJdbc2Statement.java:1159)
at org.postgresql.jdbc2.AbstractJdbc2Statement.setString(AbstractJdbc2Statement.java:1149)
at edu.ucsb.nceas.metacat.DBQuery.setPreparedStatementValues(DBQuery.java:1481)
at edu.ucsb.nceas.metacat.DBQuery.addReturnfield(DBQuery.java:1279)
at edu.ucsb.nceas.metacat.DBQuery.handleSubsetResult(DBQuery.java:951)
at edu.ucsb.nceas.metacat.DBQuery.findResultDoclist(DBQuery.java:852)
at edu.ucsb.nceas.metacat.DBQuery.createResultDocument(DBQuery.java:523)
at edu.ucsb.nceas.metacat.DBQuery.findDocuments(DBQuery.java:400)
at edu.ucsb.nceas.metacat.DBQuery.findDocuments(DBQuery.java:314)
at edu.ucsb.nceas.metacat.MetacatHandler.handleSQuery(MetacatHandler.java:491)
at edu.ucsb.nceas.metacat.MetaCatServlet.handleGetOrPost(MetaCatServlet.java:856)
at edu.ucsb.nceas.metacat.MetaCatServlet.doPost(MetaCatServlet.java:501)
at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:637)
at javax.servlet.http.HttpServlet.service(HttpServlet.java:717)
at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.internalDoFilter(ApplicationFilterChain.java:290)
at org.apache.catalina.core.ApplicationFilterChain.doFilter(ApplicationFilterChain.java:206)
at org.apache.catalina.core.StandardWrapperValve.invoke(StandardWrapperValve.java:233)
at org.apache.catalina.core.StandardContextValve.invoke(StandardContextValve.java:191)
at org.apache.catalina.authenticator.AuthenticatorBase.invoke(AuthenticatorBase.java:470)
at org.apache.catalina.core.StandardHostValve.invoke(StandardHostValve.java:127)
at org.apache.catalina.valves.ErrorReportValve.invoke(ErrorReportValve.java:102)
at org.apache.catalina.core.StandardEngineValve.invoke(StandardEngineValve.java:109)
at org.apache.catalina.connector.CoyoteAdapter.service(CoyoteAdapter.java:298)
at org.apache.jk.server.JkCoyoteHandler.invoke(JkCoyoteHandler.java:190)
at org.apache.jk.common.HandlerRequest.invoke(HandlerRequest.java:291)
at org.apache.jk.common.ChannelSocket.invoke(ChannelSocket.java:776)
at org.apache.jk.common.ChannelSocket.processConnection(ChannelSocket.java:705)
at org.apache.jk.common.ChannelSocket$SocketConnection.runIt(ChannelSocket.java:898)
at org.apache.tomcat.util.threads.ThreadPool$ControlRunnable.run(ThreadPool.java:690)
at java.lang.Thread.run(Thread.java:619)

Okay. It turned out the query on comment 2 does work.

The pathquery doesn't work:
<pathquery version='1.2'><returndoctype>http://www.kepler-project.org/kar-2.0.0&lt;/returndoctype&gt;&lt;returndoctype&gt;http://www.kepler-project.org/kar-2.1.0&lt;/returndoctype&gt;&lt;returnfield&gt;karEntry/karEntryXML/entity/@name&lt;/returnfield&gt;&lt;returnfield&gt;karEntry/karEntryXML/entity/property[@name='KeplerDocumentation']/property[@name='author']/configure&lt;/returnfield&gt;&lt;returnfield&gt;karEntry/karEntryXML/entity/property[@name='KeplerDocumentation']/property[@name='description']/configure&lt;/returnfield&gt;&lt;returnfield&gt;karEntry/karEntryXML/entity/property[@name='KeplerDocumentation']/property[@name='createDate']/configure&lt;/returnfield&gt;&lt;returnfield&gt;karEntry/karEntryXML/entity/property[@name='KeplerDocumentation']/property[@name='workflowId']/configure&lt;/returnfield&gt;&lt;returnfield&gt;mainAttributes/lsid&lt;/returnfield&gt;&lt;returnfield&gt;karEntry/karEntryXML/entity/property[@name='entityId']/@value&lt;/returnfield&gt;&lt;returnfield&gt;karEntry/karEntryXML/property[@name='WorkflowRun']/@class&lt;/returnfield&gt;&lt;querygroup operator='INTERSECT'></querygroup></pathquery>

It also has some warning:
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - predicate2SQL():
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - Invalid or unsupported predicate: @name=''KeplerDocumentation''
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - predicate2SQL():
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - Invalid or unsupported predicate: @name=''KeplerDocumentation''
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - predicate2SQL():
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - Invalid or unsupported predicate: @name=''KeplerDocumentation''
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - predicate2SQL():
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - Invalid or unsupported predicate: @name=''KeplerDocumentation''
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - predicate2SQL():
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - Invalid or unsupported predicate: @name=''entityId''
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - predicate2SQL():
02 Dec 15:59:16 WARN [metacat.QueryTerm] - Invalid or unsupported predicate: @name=''WorkflowRun''

The sql statement is:
select xml_nodes.docid, xml_index.path, xml_nodes.nodedata, xml_nodes.parentnodeid, xml_nodes.nodetype FROM xml_index, xml_nodes WHERE ( (xml_index.nodeid=xml_nodes.parentnodeid AND xml_index.path IN ( ?, ? , ? ) AND xml_nodes.nodetype = 'TEXT')) AND xml_nodes.docid in (?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?) UNION select xml_nodes.docid, ? as path, xml_nodes.nodedata, xml_nodes.parentnodeid, xml_nodes.nodetype from xml_nodes where AND xml_nodes.docid in (?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?) UNION select xml_nodes.docid, ? as path, xml_nodes.nodedata, xml_nodes.parentnodeid, xml_nodes.nodetype from xml_nodes where AND xml_nodes.docid in (?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?) UNION select xml_nodes.docid, ? as path, xml_nodes.nodedata, xml_nodes.parentnodeid, xml_nodes.nodetype from xml_nodes where AND xml_nodes.docid in (?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?) UNION select xml_nodes.docid, ? as path, xml_nodes.nodedata, xml_nodes.parentnodeid, xml_nodes.nodetype from xml_nodes where AND xml_nodes.docid in (?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?) UNION select xml_nodes.docid, ? as path, xml_nodes.nodedata, xml_nodes.parentnodeid, xml_nodes.nodetype from xml_nodes where AND xml_nodes.docid in (?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?) UNION select xml_nodes.docid, ? as path, xml_nodes.nodedata, xml_nodes.parentnodeid, xml_nodes.nodetype from xml_nodes where AND xml_nodes.docid in (?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?)

The parameterValues is:
[karEntry/karEntryAttributes/tpcStatus, mainAttributes/lsid, karEntry/karEntryAttributes/Name, karEntry/karEntryXML/property[@name=''WorkflowRun'']/property[@name=''user'']/@value, karEntry, karEntryXML, property, karEntry/karEntryXML/property[@name=''WorkflowRun'']/property[@name=''description'']/@value, karEntry, karEntryXML, property, karEntry/karEntryXML/property[@name=''WorkflowRun'']/property[@name=''startTime'']/@value, karEntry, karEntryXML, property, karEntry/karEntryXML/property[@name=''WorkflowRun'']/property[@name=''workflowLSID'']/@value, karEntry, karEntryXML, property, karEntry/karEntryXML/property[@name=''WorkflowRun'']/property[@name=''workflowName'']/@value, karEntry, karEntryXML, property, karEntry/karEntryXML/property[@name=''WorkflowRun'']/@class, karEntry, karEntryXML, property, 6838.64, 6838.75, 6838.87, 6838.99, 6915.11, 6952.11, 6952.23, 6952.35, 6952.47, 6952.59, 6952.71, 6952.83, 6952.95, 6952.107, 6952.122, 6952.134, 6952.146, 6952.158, 6952.170, 6952.182, 6952.194, 6952.206, 6952.227, 6952.228, 7182.29, 7182.41, 7182.53, 7182.84, 7182.96, 7182.108, 7182.120, 7182.132, 7182.144, 7182.156, 7182.177, 7182.178, 7182.199, 7182.202, 7182.216, 7182.233, 7182.242, 7182.252, 7182.273, 7182.274, 7182.288, 7182.300, 7182.312, 7182.324, 7182.336, 7182.357, 7182.358, 7182.381, 7182.382, 7182.396, 7182.408, 7182.420, 7182.432, 7182.444, 7182.456, 7182.468, 7182.480, 7182.492, 7182.512, 7182.513, 7182.529, 7182.539, 7182.559, 7182.561, 7182.575, 7182.587, 7182.599, 7182.611, 7182.623, 7182.635, 7182.647, 7182.659, 7338.11, 7338.24, 7338.37, 7363.12, 7363.23, 7363.30, 7363.37, 7363.44, 7363.51, 7363.63, 7363.75, 7363.95, 7363.107, 7363.119, 7428.11, 7428.24, 7428.36, 7428.48, 7428.60, 7428.72, 7428.84, 7428.96, 7428.108, 7428.120, 7428.137, 7428.144, 7428.156, 7428.168, 7428.180, 7428.192, 7428.204, 7428.216, 7428.228, 7428.240, 7428.252, 7428.264, 7428.279, 7428.292, 7428.305, 7428.321, 7428.339, 7428.352, 7428.367, 7447.11, 7447.23, 7447.39, 7447.51, 7448.14, 7448.26, 7455.11, 7455.27, 7455.43, 7455.64, 7455.65, 7455.84, 7464.11, 7464.29, 7464.36, 7464.84, 7464.96, 7464.118, 7464.137, 7464.149, 7464.161, 7464.173, 7464.185, 7464.224, 7464.236, 7464.261, 7464.278, 7464.291, 7464.303, 7464.315, 7464.328, 7504.11, 7504.24, 7504.36, 7504.48, 7504.61, 7504.74, 7504.87, 7504.99, 7504.111, 7504.123, 7504.135, 7643.20, 7643.32, 7643.45, 7643.57, 7643.69, 7643.81, 7643.93, 7643.105, 7643.117, 7643.129, 7643.141, 7643.153, 7859.11, 7859.23, 7859.35, 7859.47, 7859.71, 7859.83, 7859.95, 7859.107, 7859.119, 7859.131, 7859.143, 7859.155, 7859.167, 7859.179, 7859.191, 7859.215, 8465.26]

One problem was that the predicate expression was incorrectly escaping the predicate quotes -- now that they are prepared statement parameters, all the escaping is done for us.

Another problem was that when I took out the use of docid values directly in the sql, I neglected to put their values in the parameter value list in the correct location (and in some cases they were completely omitted) -- this should be fixed now and docid values are in the list for each and every place holder (?).

Jing -- please update and try on your system. I only used one document (karxml from your server, docid=6838.47.1)
Thanks!

Hi, Ben:

I just tried and the sql error has gone. Thanks!

However, it seems that all worklfow and run kar files are shown on the workflow link, nothing is on the workflow run link. Maybe this is because the predicate expression issue you mentioned. I am going to take a look.

Jing says it's fixed!

Original Bugzilla ID was 5561